1.明確合作社的市場主體地位
新法規定，國家保障農民專業合作社享有與其他市場主體平等的法律地位。
這一規定意味著，合作社可以作為平等市場主體參與經濟活動，將擁有與公司同等的市場主體資格、法律地位，使得合作社參與市場經濟的行為活動有法可依。比如，新法還規定：“農民專業合作社可以依法向公司等企業投資”，正是市場中一般企業市場特征的體現。
2.出資形式更加多元化
新法規定，農民專業合作社成員除了可以用貨幣出資，“也可以用實物、知識產權、土地經營權、林權等可以用貨幣估價并可以依法轉讓的非貨幣財產，以及章程規定的其他方式作價出資。
也就是說，只要符合章程規定、全體成員認可、符合法律和行政法規規定的出資形式都可以。這點明確了成員可以用土地經營權等財產作價出資，體現了出資的多樣性，土地經營權的作價出資，有利于農民充分利用土地的用益物權，把資產變成資本，提高農戶投資的積極性。
3.合作社更規范
新法規定，農民專業合作社成員不遵守農民專業合作社的章程、成員大會或者成員代表大會的決議，或者嚴重危害其他成員及農民專業合作社利益的，可以予以除名。成員的除名，應當經成員大會或者成員代表大會表決通過。
新法規定，農民專業合作社連續兩年未從事經營活動的，吊銷其營業執照。
這兩條規定對合作社的規范運行意義重大。對于不履行合作社章程規定、損害合作社整體利益的個別農戶，以及少數人控制合作社、導致小農戶的經濟利益得不到有效保護的現象，能夠依法對相關成員予以除名，以保護合作社成員的正當權利，增強合作社的凝聚力。對于合作社發展中出現的“空殼”合作社現象，通過吊銷其營業執照加以糾正，維護合作社在市場中的整體商譽。
4.增加了聯合社
新法增加了一章“農民專業合作社聯合社”。規定“三個以上的農民專業合作社在自愿的基礎上，可以出資設立農民專業合作社聯合社”。
這一章對合作社聯合社的設立登記、組織結構、承擔責任、表決方式、分配方式等事項做了具體規定，有利于規范聯合社的組織行為，為其依法行使權利、開展各項經濟活動提供法律依據，有利于通過聯合社提高其帶動小農戶參與市場競爭的能力。
5.擴展了合作社經營范圍
新法規定，農民專業合作社以其成員為主要服務對象，開展以下一種或者多種業務，一是農業生產資料的購買、使用；二是農產品的生產、銷售、加工、運輸、貯藏及其他相關服務；三是農村民間工藝及制品、休閑農業和鄉村旅游資源的開發經營等；四是與農業生產經營有關的技術、信息、設施建設運營等服務。
新法取消了有關“同類”農產品或者“同類”農業生產經營服務中的“同類”的限制，擴大了法律的調整范圍。適應了各種類型的農民專業合作社并行發展、專業化基礎上向綜合化方向發展的趨勢，以及農民對各類合作社提供服務日益多元的需求。除了傳統的農資購買、農產品產加儲運銷，合作社還可從事休閑農業、鄉村旅游、信息和技術服務等。農業的產業化經營、一二三產融合發展中，合作社將發揮其應有的重要作用。
